平安時代前期、土地の豪族浅井（あざい）家が比叡山（ひえいざん）の安然（あんねん）と協力の上、開いたと伝えられる天台宗の霊場。平安時代後期、平治（へいじ）の乱で敗北した源氏は、東国を目指して落ち延びましたが、その時13歳の頼朝（よりとも）は一行とはぐれ、この寺に難を逃れたといわれています。後に頼朝は鎌倉に幕府を開き、塔宇（とうう）を再建し寺領（じりょう）を寄進しました。
　当時の大吉寺は、天吉寺山（750m）の山頂付近にあり、鎌倉時代隆盛をきわめましたが、戦国時代に六角定頼（さだより）の兵火を受け、さらに織田信長の兵火によって焼失しています。最近の調査により、本堂、門、鐘楼、閼伽池（あかいけ）、石窟（せっくつ）などを有した規模が明らかになり、大吉寺跡が県の史跡に指定されています。
　鎌倉時代後期、一切経を求め唐へ渡った覚道（かくどう）が宿願（しゅくがん）を果たした後、自ら入定したという石窟や頼朝の供養塔も残っています。
　現在は、本堂、庫裏、山門からなる小さな寺ですが、本造聖観音立像をはじめ、仏像四躯、両界曼茶羅、源頼朝公判物、足利将軍御教書など多くの寺宝を所有しています。