水口本陣は古い家柄で苗字帯刀を許された鵜飼伝左ヱ門が営んでいました。表門は貴人宿泊の格式を表し、瓦葺か冠木門で屋舎は平屋でした。本陣の特色として庭はあるが絶対に石は入れず、必ず裏手に立ち退き口があり、非常の際の脱出口になりました。現在の本陣跡は明治天皇行在所の石碑が建っているだけでその面影はありません。
近くに脇本陣もあります。本陣の予備的なものです。現在の脇本陣は内部を壁で仕切って、倉庫・住居として使用中です。わずかに水口脇本陣の面影がしのばれるのは江戸の様式を示す蟇股と間取り図が残っていることです。