京阪電鉄坂本駅のすぐ北側にあります。天台宗。日吉大社大鳥居のすぐ前にある比較的こぢんまりとした寺院で、奈良時代後期、最澄(さいちょう・767-822）によって開山されたと伝えられます。また、最澄の生誕地といわれ、延暦寺の中でも特別な霊地として崇められています。
　山門のかたわらに「開山伝教大師御生誕地（かいざんでんぎょうたいしごせいたんち）」の碑があります。そして、山門を入ると右手の大きな古木の下に古井戸があり、最澄の産湯（うぶゆ）といわれています。また、隣接して別当大師堂（べっとうたいしどう）があります。最澄の誕生年月日についてはいろんな説がありますが、生源寺では毎年8月18日に盛大な誕生会が行われます。